شرح ماجرا به نقل از فرزند آيت الله شبيري زنجاني از زبان پدر بزرگوارشان اين‌گونه نقل مي‌شود که :

در سفري که امام خميني(ره) و پدرم براي زيارت به مشهد مقدس رفته بودند امام در صحن حرم امام رضا (ع) با سالک الي الله حاج حسنعلي نخودکي مواجه مي‌شوند. امام امت (ره) که در آن زمان شايد در حدود سي الي چهل سال بيشتر نداشت وقت را غنيمت مي شمارد و به ايشان مي‌گويد با شما سخني دارم.حاج حسنعلي نخودکي مي‌گويد: من در حال انجام اعمال هستم، شما در بقعه حر عاملي (ره) بمانيد من خودم پيش شما مي‌آيم. بعد از مدتي حاج حسنعلي مي‌آيد و مي‌گويد چه کار داريد؟
امام (ره) خطاب به ايشان رو به گنبد و بارگاه امام رضا (عليه‌السلام) کرد و گفت: تو را به اين امام رضا، اگر (علم) کيمياداري به ما هم بده؟
حاج حسنعلي نخودکي انکار به داشتن علم (کيميا) نکرد بلکه به امام (ره) فرمودند:اگر ما «کيميا» به شما بدهيم و شما تمام کوه و در و دشت را طلا کرديد آيا قول مي‌دهيد که به جا استفاده کنيد و آن را حفظ کنيد و در هر جايي به کار نبريد؟
امام خميني (ره) که از همان ايام جواني صداقت از وجودشان مي‌باريد، سر به زير انداختند و با تفکري به ايشان گفتند: نه نمي‌توانم چنين قولي به شما بدهم.
حاج حسنعلي نخودکي که اين را از امام (ره) شنيد روبه ايشان کرد و فرمود: حالا که نمي‌توانيد «کيميا» را حفظ کنيد من بهتر از کيميا را به شما ياد مي‌دهم و آن اين که:
بعد از نمازهاي واجب يک بار آيه الکرسي را تا «هو العلي العظيم» مي‌خواني.
و بعد تسبيحات فاطمه زهرا سلام الله عليها را مي‌گويي.
و بعد سه بار سوره توحيد «قل هو الله احد» را مي‌خواني.
و بعد سه بار صلوات مي‌گويي: اللهم صل علي محمد و آل محمد
و بعد سه بار آيه مبارکه: وَمَنْ يتَّقِ اللَّهَ يجْعَلْ لَهُ مَخْرَجًا وَيرْزُقْهُ مِنْ حَيثُ لا يحْتَسِبُ وَمَنْ يتَوَکَّلْ عَلَى اللَّهِ فَهُوَ حَسْبُهُ إِنَّ اللَّهَ بَالِغُ أَمْرِهِ قَدْ جَعَلَ اللَّهُ لِکُلِّ شَيءٍ قَدْرًا ؛
(سوره طلاق آيه 2 و 3) (هرکس تقواي الهي پيشه کند، خداوند راه نجاتي براي او فراهم مي‌کند و او را از جايي که گمان ندارد روزي مي‌دهد، و هرکس بر خداوند توکل کند کفايت امرش را مي‌کند، خداوند فرمان خود را به انجام مي‌رساند، و خدا براي هر چيزي اندازه‌اي قرار داده است.)
را مي‌خواني که اين از کيميا برايت بهتر است.
روايت دوم:آيت‌الله سيد جعفر شبيري زنجاني:
امام و مرحوم ابوي بالا سر حضرت امام رضا عليه‌السلام، آشيخ حسنعلي را مي‌بينند. مي‌آيند که با ايشان صحبت کنند، ايشان زيارت مي‌خواندند و اشاره مي‌کنند برويد جلوي مدرسه حاج ملا جعفر، زيارت را که خواندم، به آنجا مي‌آيم.
به آنجا مي‌آيند و ظاهراً امام به ايشان مي‌گويند: «شما را به اين حضرت رضا عليه‌السلام قسم مي‌دهيم که علم کيميا را به ما ياد بدهيد».
ايشان مي‌گويند: «اگر همه کوه‌هاي عالم را طلا کنيد، آيا اطمينان داريد که از آنها سوء استفاده‌اي نشود؟»
امام مي‌گويند: «نه، اطمينان نداريم.»
مي‌گويند: «پس چه اصراري داريد چيزي را که ممکن است موجب خسران شود، ياد بگيريد؟ اما من چيزي را به شما ياد مي‌دهم که برايتان خسارتي ندارد و محتاج ديگران هم نمي‌شويد».
اين را نشنيده بودم، بعداً از اخوي بزرگ حاج آقا موسي شنيدم و کاملش را برايم بيان کردند.
ايشان مي‌گويند آشيخ مي‌گفتند اول آية‌الکرسي مي‌خوانيد، بعد تسبيحات حضرت زهرا«سلام الله عليها»، بعد سه تا قل هو الله و سه صلوات و سه مرتبه « وَمَنْ يتَّقِ اللَّهَ يجْعَلْ لَهُ مَخْرَجًا وَيرْزُقْهُ مِنْ حَيثُ لا يحْتَسِبُ وَمَنْ يتَوَکَّلْ عَلَى اللَّهِ فَهُوَ حَسْبُهُ إِنَّ اللَّهَ بَالِغُ أَمْرِهِ قَدْ جَعَلَ اللَّهُ لِکُلِّ شَيءٍ قَدْرًا » (سوره طلاق، آيات 2 و 3).
پدرم مي‌فرمودند بعد از آن ديگر هيچ وقت محتاج نشدم.