وصیت امام(ع) این گونه بود که شبانه و مخفیانه دفن شود، چنانکه حضرت زهرا(س) به حضرت وصیت کرد که مخفیانه دفن شود و این وصیت ها دارای چند پیام هستند:

1. بیان مظلومیت اهل بیت

2. شناخته نشدن جایگاه آنان و پوشیده ماندن منزلت ایشان.

3. توجه به علت اصلی این مظلومیت در جریان تاریخ اسلام و توطئه های دشمنان بر علیه اهل بیت و استمرار این جریان.

4. همان طور که شخصیت علی(ع) در زمان خود مجهول بود و اکنون پس از قرن ها دانشمندان غیر مسلمان نیز تشنه درک حضور و عاشق سخنان و اندیشه های اویند، شناخت بارگاه و مرقد ملکوتی علی(ع) نیز نیازمند معرفت و شناخت است که اگر قبل از آن ظاهر می شد، مورد اهانت جاهلان واقع می شد از این رو پنهان بودنش بهتر بود.

5. به دلیل کینه و عناد بنی امیه و خوارج و دیگران به آن حضرت چنان که سال ها حضرت را در منابر خود ناسزا گفتند و بر علیه او تبلیغ کردند، از این رو اگر قبرش معلوم بود جسارت می کردند، از این رو سال ها در اختفای کامل بود و به جز ائمه و خواص شیعه کسی آگاه نبود.