شرح ماجرا به نقل از فرزند آیت الله شبیری زنجانی از زبان پدر بزرگوارشان این‌گونه نقل می‌شود که :

در سفری که امام خمینی(ره) و پدرم برای زیارت به مشهد مقدس رفته بودند امام در صحن حرم امام رضا (ع) با سالک الی الله حاج حسنعلی نخودکی مواجه می‌شوند. امام امت (ره) که در آن زمان شاید در حدود سی الی چهل سال بیشتر نداشت وقت را غنیمت می شمارد و به ایشان می‌گوید با شما سخنی دارم.حاج حسنعلی نخودکی می‌گوید: من در حال انجام اعمال هستم، شما در بقعه حر عاملی (ره) بمانید من خودم پیش شما می‌آیم. بعد از مدتی حاج حسنعلی می‌آید و می‌گوید چه کار دارید؟

امام (ره) خطاب به ایشان رو به گنبد و بارگاه امام رضا (علیه‌السلام) کرد  و گفت: تو را به این امام رضا، اگر (علم) کیمیاداری به ما هم بده؟

حاج حسنعلی نخودکی انکار به داشتن علم (کیمیا) نکرد بلکه به امام (ره) فرمودند:اگر ما «کیمیا» به شما بدهیم و شما تمام کوه و در و دشت را طلا کردید آیا قول می‌دهید که به جا استفاده کنید و آن را حفظ کنید و در هر جایی به کار نبرید؟

امام خمینی (ره) که از همان ایام جوانی صداقت از وجودشان می‌بارید، سر به زیر انداختند و با تفکری به ایشان گفتند: نه نمی‌توانم چنین قولی به شما بدهم.

حاج حسنعلی نخودکی که این را از امام (ره) شنید روبه ایشان کرد و فرمود: حالا که نمی‌توانید «کیمیا» را حفظ کنید من بهتر از کیمیا را به شما یاد می‌دهم و آن این که:

بعد از نمازهای واجب یک بار آیه الکرسی را تا «هو العلی العظیم» می‌خوانی.

و بعد تسبیحات فاطمه زهرا سلام الله علیها را می‌گویی.

و بعد سه بار سوره توحید «قل هو الله احد» را می‌خوانی.

و بعد سه بار صلوات می‌گویی: اللهم صل علی محمد و آل محمد

و بعد سه بار آیه مبارکه: وَمَنْ يَتَّقِ اللَّهَ يَجْعَلْ لَهُ مَخْرَجًا وَيَرْزُقْهُ مِنْ حَيْثُ لا يَحْتَسِبُ وَمَنْ يَتَوَكَّلْ عَلَى اللَّهِ فَهُوَ حَسْبُهُ إِنَّ اللَّهَ بَالِغُ أَمْرِهِ قَدْ جَعَلَ اللَّهُ لِكُلِّ شَيْءٍ قَدْرًا ؛ را می‌خوانی که این از کیمیا برایت بهتر است.

(سوره طلاق آیه 2 و 3) (هرکس تقوای الهی پیشه کند، خداوند راه نجاتی برای او فراهم می‌کند و او را از جایی که گمان ندارد روزی می‌دهد، و هرکس بر خداوند توکل کند کفایت امرش را می‌کند، خداوند فرمان خود را به انجام می‌رساند، و خدا برای هر چیزی اندازه‌ای قرار داده است.)